La fondazione della basilica di San Paolo fuori le mura è testimoniata nel famoso Liber pontificalis, la raccolta delle biografie dei papi, e si trova nella biografia di Silvestro, papa dal 314 al 335.
Si credeva che la basilica fondata da Costantino nella prima metà del IV secolo, con tutte le modifiche successive, fosse giunta integra fino al 1823, anno in cui la basilica venne parzialmente distrutta da un incendio a causa di una dimenticanza di un operaio che stava lavorando al tetto ligneo. Il papa del tempo, Pio VII Chiaramonti, non venne avvertito dell’accaduto per non farlo soffrire ulteriormente nel suo stato già precario di salute (infatti, pochi giorni dopo morì). A questo punto ci fu un dibattito sul da farsi, se radere al suolo ciò che era stato salvato dalle fiamme e ricostruire ex novo o intervenire con il restauro e a quell’epoca, con diverse norme a tutela del patrimonio artistico, venne approvata la prima possibilità. Nel ricostruirla si fece una copia perfetta della basilica tardoantica rasa al suolo, ma si tratta comunque di una basilica del ‘800.
Nei lavori di ricostruzione, nella zona absidale della basilica tardoantica/ottocentesca si trovò un’altra basilica sottostante a quella che si credeva costantiniana ed era più piccola e di orientamento inverso. Dunque, gli studiosi tornarono a studiare attentamente le fonti e scoprirono che a San Paolo c’era stato un grosso intervento da parte di Teodosio e dei suoi figli nella fine IV/inizio V secolo: la grande basilica, quindi, era frutto delle modifiche teodosiane, mentre la basilica sottostante, più piccola, era di fondazione costantiniana.
La basilica teodosiana/ottocentesca aveva forma identica a San Pietro, al contrario di quella costantiniana in cui la differenza è consistente. Il motivo dei diversi atteggiamenti dei due imperatori è legato al tempo storico. A Costantino non interessava dare la stessa dignità a san Pietro e a san Paolo, essendo quest’ultimo meno considerato alla sua epoca, ma successivamente, alla fine del IV secolo, Paolo assurge ad un ruolo particolare. Essendo Paolo cittadino romano e di classe sociale più elevata rispetto a Pietro, egli diventa lo strumento perfetto per convertire al cristianesimo anche le classi gentilizie, dopo l’adesione alla nuova religione dei ceti più umili avvenuta già durante i primi secoli dopo la nascita di Cristo.
Inoltre, Roma stava cercando di mostrare la sua centralità come sede cristiana rispetto alle altre diocesi e la presenza di due apostoli che hanno predicato e sono morti lì aiuta nell’affermazione di questo primato.